化学工程学院2003年建院前为基础课教学单位，二十世纪八十年代，“苦豆子干馏油”等研究成果获农业部科技成果二等奖，并在棉籽饼粕去毒、孜然芹等新疆特色植物挥发油提取、牛血中SOD提取利用、花粉等经济植物资源开发利用等多个应用开发项目上取得成果。
学院成立初期，在马脂的无溶剂提取与应用、番茄红素提取、番茄酱生产设备清洗、植物生长调节剂、水泥减水剂、复合肥等项目上取得一些进展。近年来，学院科研人员主要关注于化学生物学、环境化学、水处理、化学计量学、超声化学、超临界反应体系、天然产物提取利用及材料化学等研究领域。
化学工程学院成立以来，学院教师主持各类科研项目19项。其中：
国家自然科学基金项目4项；
霍英东教育基金项目1项；
自治区高校科研计划4项；
自治区自然科学基金项目1项；
自治区科技厅新疆少数民族项目1项；
乌鲁木齐市科技项目1项；
学校校长基金项目6项；
横向合作1项。
学院成立以来，科研经费合计达240万元以上。在2007-2011四年中，科研经费平均年增长率超过30%。其中2011年新增科研项目合同经费达161万元。
广大教职工先后在各级各类学术期刊上公开发表学术论文近百篇。2011年还成功组织举办了由中国科学院院士领衔的“科学与中国––国际化学年”大学校长巡讲团新疆专场报告（座谈）会等地区性学术会议，扩大了学校、学院在全区的影响。